神经科学研究所前身是颅底外科实验室，筹建于2000年底，耗资50余万，历时1年半完成，于2002年5月正式投入使用。建筑面积达100平方米，由办公区，实验操作室，标本储藏室组成。实验操作室内设有实验操作台三个，镇江中天集团生产的LZL--11型多功能手术显微镜一台，并附有手术摄像装置，镜下可放大5至22倍，手术无影灯一台，电动吸引器一台，显微神经外科器械一套，常规开颅器械一套，先进的测量工具等设备。标本储藏室拥有标本储藏柜两台，现有福尔马林固定头颅标本30只，新鲜冷冻标本3只，可行标本灌注。办公区设有电脑一台，配有光盘刻录设备，可进行数据的统计和处理，手术教学光盘和录像带齐全，可进行教学与学习。实验室内可常规开展人体解剖和显微外科解剖学研究，进行各种各样的手术入路的研究，自该实验室投入使用以来已承担多项重大科研课题，并分别培养了多名徐州医科大学和南京医科大学的硕士和博士研究生。

2001年7月，李爱民被聘为徐州医科大学硕士研究生导师。